醫用真空系統是醫院設計建設的重要部分，其主要應用原理就是負壓吸引。在醫用真空泵系統的建設中，醫用真空泵選型不同于一般的工業真空泵選型，這些不同主要涉及3個方面。

首先是工業生產應用中的真空真空度往往較高，而醫用真空的真空度則比較低。工業生產涉及的真空應用更為廣泛，跨度大，很多真空應用的真空度往往在絕壓1hPa以下；而醫用真空主要是用負壓吸引，一般不需要過高的真空度，絕對壓力大多在13～60kPa之間，大部分要遠低于工業真空泵。因此在醫用真空泵選型中，要予以區分。

第二點是真空室使用的連續性不同。工業真空應用中的真空室很多都是間斷使用，意味著真空泵的運行大多也是間斷性的；而醫用真空系統則都是是連續使用，且是不同的用氣點位同時使用的。

第三，真空使用目的不同。工業真空泵大多是抽出真空室內的氣體，制造真空環境用于生產所需；而醫用真空在前面提到大多是用于負壓吸引，主要是抽出各類液體（當然也有用于抽出麻醉廢氣等用途）；因此在醫用真空泵選型中，主要關注的是在設計壓力下真空泵能夠提供多少的體積流量，單位時間內能夠吸出多少的液體，這點也不同于工業真空泵選型，需要考慮真空度、對應的抽速以及入口壓力等諸多因素。